核酸一级结构图片（核酸知识结构图）

核酸一级结构图片，原文标题：如何获得好看的核酸二级结构图？。

在之前的《可能是出图最美的核酸二级结构预测工具》已经为大家介绍过一个比较好用的核酸二级结构预测工具：Mfold。

Mfold工具的最新链接：

http://www.unafold.org/mfold/applications/rna-folding-form.php

使用Mfold可以对DNA和RNA的二级结构进行预测，得到下图这样非常好看的二级结构图。

（Molecular Therapy-Nucleic Acids，2013）

除了Mfold，其实还有很多核酸二级结构预测工具，比如RNAfold。RNAfold是ViennaRNA Web Services中的一个RNA二级结构预测小工具。

工具链接：

http://rna.tbi.univie.ac.at/

点击RNAfold Server，就会进入RNAfold工具的页面。点击蓝色字体“this sample sequence”会自动将范例序列填入到输入框中，如下图。当然，你也可以将自己的fasta格式RNA序列复制粘贴到输入框中，或者点击选择文件按钮上传序列文件。

在参数设置选项部分保持默认即可，当然点击Show advanced options可以进行更多细节调整。每个参数后都有一个绿色的问号按钮，点击可查看具体的参数说明。如果上传序列比较多，可以留一个邮箱，分析结果会发到这个邮箱。

点击Proceed按钮执行分析任务，分析过程中的过渡页面会给出最后的结果链接，如下。

由于这里的范例序列比较短，分析很快就完成了。结果中主要给出两种预测结构：MFE secondary structure和Centroid secondary structure。预测的二级结构以点和扩号的形式进行标记，由于二者的核心方法都是基于最小自由能（minimum free energy ，MFE) 进行预测，因此预测结果差异不大。

我们在Graphical output选项中可以查看图片导出结果，也可以调整两种结构的样式和着色方式，比如我这里对Centroid secondary structure的序列字母进行隐藏，并基于碱基配对概率（base-pairing probabilities）进行着色。

对于MFE structure和Centroid structure，都可以下载三种着色样式的图片，他们之间具体的差别如下。

最后选择相应的格式下载图片即可，推荐下载EPS或PDF格式的矢量图，以便于后期在Ai(Adobe illustrator)中进行编辑美化，如下，我这里在Ai中将字母和圆点调小了一些。

调整后的最终效果如下，是不是好看多了？

如果点击VIEW IN FORNA也可以在FORNA中以交互的方式查看和调整二级结构，如下。至于IMAGE CONVERTER主要将EPS格式的矢量图转成位图格式（如png, gif, jpeg）。

好啦，本次分享就到这里啦~

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参考文献

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Cheng, C., Chen, Y. H., Lennox, K. A., Behlke, M. A., & Davidson, B. L. (2013). In vivo SELEX for identification of brain-penetrating aptamers. Molecular Therapy-Nucleic Acids, 2.

Lorenz, R. and Bernhart, S.H. and Höner zu Siederdissen, C. and Tafer, H. and Flamm, C. and Stadler, P.F. and Hofacker, I.L. “ViennaRNA Package 2.0”, Algorithms for Molecular Biology, 6:1 page(s): 26, 2011

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